Die Ausstellung ist nach thematischen Gesichtspunkten gestaltet, folgt also nicht den üblichen kunsthistorischen, stilistischen oder chronologischen Ordungskriterien. Diese besondere Art der Hängung orientiert sich vielmehr an der Bedeutung der Ikone als ostkirchliches Kultbild. So sind den Themenbereichen "Ikonostase", "Christus-, Muttergottes- und Engelikonen", "Heiligenikonen" und "Festtagsikonen" jeweils eigene Räume gewidmet.

Die ältesten Werke des Museums befinden sich aber in der Koptischen Abteilung im zweiten Obergeschoss. Anhand von Textilen, Grabstelen, Architekturfragmenten sowie drei der weltberühmten Mumienporträts lässt sich der Übergang von spätantiken zu christlichen Motiven in der ägyptischen Kunst nachvollziehen.