Im Zentrum der Institution steht das Werk von Paul Klee, dessen künstlerisches Schaffen zwischen Expressionismus, Kubismus, Surrealismus und abstrakter Moderne angesiedelt ist. Mit nahezu 10.000 Werken besitzt das Zentrum Paul Klee eine der weltweit umfangreichsten Sammlungen dieses Künstlers. Darunter befinden sich Gemälde, Aquarelle, Zeichnungen sowie umfangreiche Archivalien und biografische Materialien, die einen einzigartigen Einblick in das Gesamtwerk Klees ermöglichen.

Die Sammlung bildet die Grundlage für eine kontinuierliche wissenschaftliche Auseinandersetzung mit Leben und Werk des Künstlers. Gleichzeitig präsentiert das Zentrum Paul Klee regelmässig Sonderausstellungen zur klassischen Moderne, zur internationalen Avantgarde sowie zur Kunst des 20. und 21. Jahrhunderts. Dabei werden die Werke Paul Klees immer wieder in einen erweiterten kunsthistorischen Kontext gestellt.

Neben der musealen Präsentation versteht sich das Zentrum Paul Klee auch als Ort interdisziplinärer Kultur. Bildende Kunst, Musik, Literatur, Tanz und Wissenschaft treten hier in einen Dialog. Ein zentraler Bestandteil ist das Kindermuseum Creaviva, das kreative Bildungsprogramme und Workshops für Besucher jeden Alters anbietet und die aktive Auseinandersetzung mit Kunst fördert.

Mit seinem internationalen Ausstellungsprogramm, seiner bedeutenden Sammlung und seiner architektonischen Präsenz hat sich das Zentrum Paul Klee seit seiner Eröffnung zu einer der wichtigsten Kulturinstitutionen der Schweiz entwickelt. Als Forschungszentrum, Museum und kulturelle Plattform verbindet es die Vermittlung der Kunst Paul Klees mit einem zeitgenössischen Blick auf die Entwicklung der modernen und gegenwärtigen Kunst.